Les activités de l'Assemblée sont par les trois Commissions Permanentes qui émettent des avis et des recommandations. Les Commissions Permanents sont essentielles pour le fonctionnement et les délibérations de l'Assemblée, ils concentrent leur attention sur les domaines stratégiques suivants:

Première Commission Permanente: Coopération politique régionale et questions de sécurité

Président: Sen. Alia Bouran (Jordan)

Deuxième Commission Permanente: Coopération économique, sociale et environnementale

Président: Hon. Karim Darwish (Egypt)

Troisième Commission Permanente: Dialogue des civilisations et droits de l'Homme

Président: Hon. Sandrine Morch (France)

Afin de mettre en œuvre les décisions prises par l’Assemblée ’un plan de travail pour le long et moyen terme et sur une période de cinq ans, les Commissions Permanentes déterminent leurs priorités basées sur les questions clés indiqués par l’Assemblée Générale. Chaque Commission Permanente transmet régulièrement un rapport de ses activités à l’Assemblée. Sur certains sujets, la Commission peut décider de renvoyer la discussion à une Commission Ad Hoc ou vers un Groupe d’Etude Spécial crée dans ce but.

Le travail des Commissions prend forme dans les activités des rapporteurs, qui sont à la tête des Groupes d’Etudes et des Groupes d’Etudes Spéciaux. Les rapporteurs informent régulièrement les Commissions Permanentes des progrès dans leurs groupes respectives et des recommandations à transmettre à l’Assemblée. Ces groups de travail, composés d’un noyau de cinq ou six participants, sont ouverts à tous les membres de l’Assemblée qui sont intéressés afin d’assurer la majeur participation possible au débat sur un sujet.