الأمانة العامة الدولية هي هيئة قائمة بذاتها ومستقلة، تابعة للمنظمة، تقدم المساعدة والمشورة لرئيسَ برلمان البحر الأبيض المتوسط وهيئة المكتب وجميع اعضائه فيما خص تنفيذ المهمة المناطة بعهدتهم، وهي مسؤولة عن متابعة القرارات التي تتخذها المنظمة، وذلك من خلال قيامها بالتنسيق وتقديم المساعدة والدعم لعمل اللجان وسائر الأجهزة القائمة تحت إشراف المنظمة.
وتتعامل الأمانة العامة مع وفود البرلمانات الوطنية وكذلك مع الأجهزة الإقليمية والدولية التي تُشاطرها الاهتمام في منطقة برلمان البحر الأبيض المتوسط وهي مكلفة بتحفيز أنشطة المنظمة. كما أنها تنسق تقديم جوائز برلمان البحر الأبيض المتوسط التقديرية التي يتم إسنادها إلى أفراد أو مؤسسات تعتبر اعمالها مهمة بالنسبة لمنطقة برلمان البحر الأبيض المتوسط.
يدير الأمين العام، شؤون الأمانة العامة وينسق انشطة المنظمة، بمساعدة طاقم من الموظفين الدوليين والمحليين.
لدى برلمان البحر الأبيض المتوسط مكاتب في نابولي بإيطاليا وفي جمهورية سان مارينو.
لدى المنظمة أيضاً مراقبين دائمين لدى الأمم المتحدة في جنيف ونيويورك وفيينا، وموظف اتصال مع مكتب منسق الأمم المتحدة الخاص في الأرض المحتلة (UNSCO) وقوة الأمم المتحدة المؤقتة في لبنان (UNIFIL) في القدس، وممثل لدى جامعة الدول العربية في القاهرة.